爱沙尼亚国家足球队是由爱沙尼亚足球协会管理。他们的首场比赛是在1920年。1940年，爱沙尼亚被苏联占领。直到1991年才恢复独立。他们独立后的第一场比赛是在1991年11月15日波罗的海杯上对立陶宛的比赛。第一场受FIFA承认的比赛是1992年6月3日，在塔林对斯洛文尼亚的一场比赛。