长崎航海俱乐部成立于2005年，2012赛季长崎获得日本足球联赛(JFL)冠军升级至J2联赛，并在球队参加职业联赛的第一个赛季便取得第六名得以晋级升级附加赛，可惜客场0-0战平京都不死鸟，因联赛排名低惨遭淘汰。长崎航海位于日本九州岛长崎县长崎市及谏早市，球场是位于谏早市的长崎县立综合运动公园陆上竞技场，可容纳约20000人。