阿姆卡尔1995年成为职业球队，1995年到1998年一直参加俄罗斯国内的低级别联赛。1999年他们成功升入俄甲联赛，在俄甲的前4年，他们始终没能进入过前3。直到2003年，他们终于如愿以尝获得俄甲冠军并升入俄超。2008年阿姆卡尔史无前例的获得了联赛的第4名，并一举杀入08/09赛季欧罗巴联赛的附加赛，但附加赛中遗憾的输给了富勒姆队无缘小组赛。本赛季已经是球队连续第8个赛季参加俄超联赛。