1996-1999年，效力于上海翻斗乐足球俱乐部。

2000年7月-2004年，效力于根宝足球训练基地。

2004年，加入上海东亚足球俱乐部。

2007年，帮助上海东亚足球俱乐部在中国足球乙级联赛夺冠并成功打入中国足球甲级联赛。

2009年8月1日代表上海参加全国第十一届全运会足球男子甲组夺得冠军的主力队员，球队的关键先生之一，攻入决赛阶段首场比赛第一球。

2011年，起担任上海东亚足球俱乐部场上队长。

2019年2月23日，中国足协超级杯中王燊超一个进球一助攻帮助球队拿下超级杯冠军。

2019年10月31日，中国足协公布出战东亚杯中国国家男子足球选拔队集训名单，王燊超入选。 

2019年12月7日，王燊超入选国足选拔队出征东亚杯名单。 

2020年1月，王燊超入选联赛优秀中国籍球员技术档案库。

2020年9月29日，入选中国足协公布的男子国家足球队集训名单。

2021年1月，入选中国国家男子足球队集训大名单。  3月12日，入选中国国家男子足球队集训名单。  5月10日，入选中国足协公布的中国男足集训名单。  9月2日，入选世预赛12强赛国足首战澳大利亚名单。   9月7日，入选世预赛12强赛亚洲区第二轮比赛名单。