1949年春，随着国民党军事力量的失败和中国人民解放军渡过长江，就连远在拉萨的西藏上层统治者都很清楚，中国共产党在全国的胜利指日可待。中国共产党胜利的消息传到拉萨，西藏统治者们产生了严重的悲观，据《桑颇访问记》记载：“在拉萨，人们开始考虑逃亡印度，他们把贵重物品转移到印度或藏在寺庙中，寺庙开始购买印度的卢比。”“我记得，自己家中就装满了一袋卢比，并放在桌子上，一旦发生意外就可以随时逃走……” 

而对于中央人民政府而言，西藏是中国不可分割的一部分，人民解放军进入西藏是一件不容商量的事情。1949年10月1日，北京举行了开国大典，班禅额尔德尼向毛泽东和朱德发出贺电，表达了敬意。

1949年10月13日，中共中央作出决定，邓小平、刘伯承、贺龙分任中共中央西南局第一、第二、第三书记，贺龙任西南军区司令员。11月23日，毛泽东提出“解放西藏宜早不宜迟”的战略构想。 毛泽东和朱德回电班禅额尔德尼，表示“西藏是愿意成为统一的富强的各民族平等合作的新中国大家庭的一份子”的，而“中央人民政府和中国人民解放军必能满足西藏人民的这个愿望。”尽管在红军长征过藏族聚居区时，贺龙曾率军顺利通过藏族聚居区，但对那里的了解非常有限。而这次是要指挥千军万马进西藏，并尽可能地实现中共中央和平解放西藏的战略部署，要担此重任，前提就是对西藏和藏族有深刻的了解。接到党中央解放大西南和经营西藏的指示后，贺龙开始主动拜访藏学专家，为进军西藏问计寻策。 

1950年1月23日，贺龙邀王维舟、廖志高等与曾任国民政府西康省主席的刘文辉进行了一次长谈，中心议题就是康藏问题。为了进一步使党中央、中共西南局、西南军区对西藏及四川藏区各方面情况有一个深入的了解，贺龙亲自安排筹组了西藏问题研究室。

1949年11月2日，西藏“外交局”发了一封异想天开的信给毛泽东，表达了西藏方面的立场：

“共产党总统帅毛泽东阁下：西藏是观世音菩萨教化之地，已成为宗教兴旺发达的美好地方，无论过去还是现在，一直享有着独立自主的权利，从未丧权于外国。由于与中国的青海、新疆两省接壤，请您不要让共产党的军队越过边境，侵入西藏的领土。您若能向手下官员下达此项命令并认真执行，我们才能放心。西藏的一些领土，近年被中国占据，希望在您结束中国的内战后，能够通过和平谈判的途径解决。”

与此同时，西藏“当局”希望英美协助西藏，并派出“使团”。对此，1950年1月20日，中华人民共和国外交部发言人就西藏问题发表谈话，表示西藏是中华人民共和国的领土，指责西藏当局的“外交活动”是叛国。由于双方对历史和现实的理解完全不同，军事冲突无法避免。

南京国民政府覆灭后，印度的尼赫鲁政府已经预感到解放军进藏将是不可避免的事情，于是他们决定向西藏当局提供军事支持。1949年6月，印度向噶厦政府交付了一大批武器装备，包括布伦式轻机枪144挺，斯坦机枪168挺和1260支步枪和大量子弹，藏军随即开始招募新的部队，扩充军力，藏军从14个代本（相当于团）扩充到17个代本，希望阻挡解放军的前进步伐。这些新式武器使得西藏当局有了和中央人民政府对抗的底气。

与此同时，西藏发生了“驱汉事件”。1949年7月11日、17日、20日，藏军分三批将国民政府驻藏办事处全体人员和其他国民政府人员及家属及一些汉族商人共130多人押解到印度边境，迫使他们返回内地，并对外宣称，这是为了防止共产党人。这一事件表明了西藏当局企图独立的野心。

1950年5月1日，中央人民政府表示：“人民解放军当年的任务之一就是解放西藏。”同时，传到昌都的情报说，人民解放军已经进抵汉人控制的康区与西藏控制的康区的交界处——金沙江西岸。5月22日，中央人民政府号召西藏政府和人民接受西藏和平解放的方案，并强调：“西藏是中国的一部分，西藏“当局”既不能阻止人民解放军进藏，也不可能指望从英国或美国那里得到外援。在这种情况下，西藏当局被迫派出代表去北京进行和谈，这样会避免西藏人遭受不必要的损失。”

昌都战役是解放西藏具有决定意义的一战，党中央毛主席和西南局、西南军区都极为重视。当时从中央到十八军主要担心的是粮食问题。1950年2月26日，西南局、西南军区关于要求推迟进军时间，在向中央军委的报告中提出，“十八兵团进驻雅安之两个团，因蓉雅（成都至雅安）交通受阻，食粮尚感不足，而入藏部队（指十八军）所需之大批食粮（这是该军最担心的问题，据张国华同志面谈，只要粮食有保障，其他任何困难都有信心克服）则更无法赶筹。”在6月26日关于推迟昌都战役给军委的报告也是根据“绝难提前抢运最低数量之粮食”而提出的。毛泽东8月23日同意西南军区关于昌都战役实施计划给西南局、西北局的电报中特别询问：“你们一万六千人（指五十二师和军直三个加强营、一个辎重团等部人数）由甘孜向昌都进军，粮食全靠部队携带及牦牛载运……甘孜是否已有这样多的粮食，部队及牦牛是否有这样大的运输力。”8月26日，康藏公路通车甘孜，支援司令部准备的物资已开始由汽车运抵甘孜。

甘孜白利寺的格达活佛被中央人民政府视作和平的希望。当时，格达活佛被中央人民政府任命为西南军政委员会委员兼西康省人民政府副主席，前往昌都游说，进而准备前往拉萨说服西藏政府同意和平解放西藏。

格达活佛早在1936年中国工农红军长征路过甘孜时，就与中国共产党进行过接触。到了1949年，中国共产党胜利在望时，格达活佛便派出4名使者绕道甘肃、青海前往北京去拜见朱德。朱德对格达的使者给予了热情接待，并让他们回去时捎信告诉格达活佛：人民解放军很快就要到甘肃了，西藏解放指日可待。

1950年7月24日，格达活佛到达昌都会见了总管拉鲁，他劝说拉鲁，“中国共产党反正都要解放西藏，因此宁愿采取和平的方式而不应诉诸武力。如果拉萨政府企图与共产党抗争，那不但会造成生灵涂炭，而且还会导致佛教和寺院的毁灭。”他带来了中央人民政府提出的三点和平建议：1.西藏必须承认其为中国的一部分。2.西藏与印度、尼泊尔、不丹等国的边境地区必须部署人民解放军。3.西藏必须断绝同帝国主义国家的一切联系。格达对拉鲁说，如果西藏接受这些和平建议，解放军就没有必要进军西藏，西藏的政教合一制度就能得以维持。拉鲁把这些和平建议提交给了拉萨当局，拉萨方面回复说“可以考虑这些建议”。

1950年8月22日，格达活佛突然去世。多数人认为他是被毒死的，也有人说格达活佛是被当时驻昌都的英国无线电报务员福特杀害的。无论如何，格达活佛的死阻断了双方的谈判，也坚定了中央军委发动昌都战役的决心。正当这个战和难决的关键时刻，拉萨当局委派阿沛为昌都总管，接替拉鲁。阿沛的态度在他前往昌都途中对所遇到的官员发表的言论中有所反映。据功德林喇章的一位官员回忆，阿沛曾对他说，“他确信设法进行谈判、达成和平的解决办法要比武力对抗好得多”。

新任的昌都总管阿沛与拉鲁的主张大相径庭，拉鲁倾向于进行武力抵抗，不管有没有成功的可能都要誓死抗争。阿沛则倾向于妥协，他认为没有必要激怒解放军，拆除拉鲁修筑在山顶上的防御工事。不久，又停止招募更多的康巴民兵。据拉鲁回忆，阿沛刚到昌都不久就提出，他认为昌都这个地方太小，没有必要由两名噶伦共同驻守管理，他建议拉鲁离开昌都到玉树南部琼布色达去开辟一个新的作战根据地，而他则留驻昌都。面对解放军大兵压境，阿沛判断失误，导致了昌都战役完全按照解放军的设想进行。

在防御上阿沛没有建立一支常备的后备军。藏军全体官兵除了几百人留守昌都之外，其余军队都被分散布防于边境沿线；人民解放军随时都可能突破藏军的防线，而边防军后面并没有设置第二道防线。1950年7月，藏军设在邓柯的电台被捣毁之后，在拉鲁的一再请求下，阿沛从拉萨带来了两部手提式无线电收发报机，可是他决定不在金沙江沿岸边境地区设置这两部电台。于是拉鲁带了一部到洛隆宗，另一部则留在昌都闲置着。在解放军发动昌都战役之前，福特试图说服阿沛将那部闲置未用的电台送到战略要地类乌齐去，以便能够及时迅速地收到有关拉贡昂达撤退路线的情报，但遭到了阿沛的拒绝。随着9月底的到来，许多人都推测冬季的临近意味着解放军可能不会发动进攻，从而使藏军逐渐放松了警惕。

十八军制定的昌都战役方案也于9月22日被西南军区批准，但张国华仍不下达具体执行的命令，因他在考虑如何携带和向昌都运输粮食。直至他与其他几位领导同志在甘孜访问土司头人并取得他们出动大批牦牛投入运输的承诺后才下命令。这些，足以证明各级领导对粮食的重视和粮食对作战的关系，以及后勤工作包括藏胞支援的重要性。

与西藏方面的举棋不定、临阵换将、布置失当相比，人民解放军则布置十分周密。9月13日，18军党委发出昌都战役政治命令，要求部队恪守政策纪律，团结藏族人民，发扬吃大苦耐大劳精神，严格节约粮食，保证“战役在军事上政治上的全胜”，“为西藏人民立下第一功”。